事實上， 是藥三分毒， 是藥都會有副作用， 只是中藥的副作用很輕微， 如及膩的藥物會使胃感到不舒服，
而外用方面， 雖然中藥已經剔除刺激性大的藥物， 但有些幼兒的肌膚或施藥部位較敏感， 如肚臍；或是藥材濃度較高的外治法， 如敷藥法、貼藥法， 仍可能會使某些幼兒過敏， 因此在施藥前可以先做皮膚過敏測試， 取少量糊狀藥物塗在手腕內測， 10分鐘後若一切正常， 就沒問題了。
由於寶寶的消化系統尚未發育成熟， 因此在藥材的選擇上以性平、味甘為宜， 如黃芪、紅棗、枸杞、山藥等皆可， 不過一般中醫師不會給寶寶吃不適當的藥物， 倒是父母可能在日常食物上給寶寶吃了過於溫燥或寒涼的食品。
