腎結石的治療方法應該根據病情的發展制定用藥方案。 一般都必須在專業的醫生指導下， 遵循醫生的醫囑來進行有效的治療。
維生素B6是最經濟的一種藥物， 它可以促使檸檬酸在尿液中與鈣結合， 減少草酸鈣結晶的機會， 可以用來預防草酸鈣結石。 氧化鎂本來是消化藥、軟便劑， 也可用來預防草酸鈣結石。 不過特別值得注意的是， 鎂本身也是發炎結石的成分， 因此有發炎的尿液就不大適合使用。
限制維生素C的用量：如果你容易形成草酸鈣結石， 應限制維生素c的用量。 一天超過3-4公克，
勿服用過多維生素D：過量的維生素D可能導致身體各部堆積鈣質。 維生素D的每日攝取量最好勿超過RDA所定的400IU。
利尿劑Thiazide也可預防尿路結石。 由於Thiazide能抑制小腸吸收過多的鈣， 還會增加腎臟對鈣的再吸收能力， 降低尿中鈣含量， 所以腎性高尿鈣症和吸收性高尿鈣症患者最適合此種藥物治療。 尤其是有高血壓， 並復發性結石鈣病人， Thiazide的治療尤佳。 相反地， 原發性副甲狀腺亢進症和腎小管酸血症則絕對禁忌服用Thiazide。
腎結石患者下藥還要對症
（1）、尿酸結石：枸櫞酸鉀臨床首選， 劑量為30～60mmol/d。 若同時有血尿酸增高， 宜加服別嘌呤醇， 控制血尿酸濃度後即改為維持量。
（2）、腸源性高草酸尿：可用氫氧化鎂或氧化鎂。 消膽胺可糾正腸吸收脂肪不良， 但不能持續抑制吸收草酸。
（3）、高鈣尿：因原發性甲旁亢、類肉瘤病、甲亢、多發性骨髓瘤等引起者應作相應治療。
其他病因者可採取下列措施：
1、噻嗪類利尿劑：雙氫克尿噻每日50～100mg， 或相應劑量的其他利尿劑。
2、磷酸鈉纖維樹脂：每次2、5～5g， 進食同時服用。 同時應適當限制草酸攝入， 而補充鈣。
3、正磷酸鹽：每日1、5～2、0g磷元素， 分3～4次服用。 腎小球濾過率低於30ml/min者和尿路感染者不用， 因可引起轉移性軟組織鈣化和感染性結石。
4、低尿枸櫞酸性含鈣腎結石：用法為每日3～6g， 分三次服用。 部分患者可有輕度胃腸道反應， 腎功能不全者慎用。
