微創手術有缺點。
1， 主要是在於手術的空間比較小， 對於一些嚴重的疾病， 需要手術操作範圍比較大的手術， 不適合微創手術治療，
2， 另外微創手術， 要求的醫療器械和手術醫生的操作經驗比較高， 並不是普通外科醫生就可以做的， 所以對於病變比較嚴重的， 或者是當地微創手術開展不多， 經驗不豐富的.
這些情況下， 微創手術並不一定就比傳統開發性手術好多少， 當然這些缺點是可以通過醫療器械和技術的發展和醫務人員的訓練而改變的， 以後微創手術是一個發展方向， 缺點會越來越少的。
早期微創手術
早期微創手術， 是指通過腹腔鏡、胸腔鏡等內窺鏡在人體內施行手術的一種新技術。 微創手術具有創傷小、疼痛輕、恢復快的優越性。
微創手術的優點是創傷小、疼痛輕、恢復快是每個需要手術的病人的夢想， 微創外科使這個夢想成為了現實。
微創手術具有創傷小、疼痛輕、恢復快的優越性。 拿最成熟已經成為“金標準”的LC來舉例：LC手術切口約1cm， 不切斷肌肉， 腹式呼吸恢復早， 美觀， 術後腹部運動與感覺幾乎無影響， 肺部併發症遠低於經腹膽囊切除術。 同時手術時間短， 平均約30-60分鐘， 腸蠕動恢復快， 早進食， 基本不用止痛藥。 平均住院1—3天， 有的甚至術後當晚便可回家歡聚（據統計， 已行LC最高年齡者為107歲）。 病人早恢復工作及社會活動， 對整個社會與家庭大有益處
脊柱微創手術
⑴脊柱顯微外科技術。
運用手術顯微鏡或高倍放大鏡，
放大手術視野進行手術操作，
通過盡可能小的皮膚切口施行“鑰匙孔手術”，
使脊柱外科手術以最小的醫源性損傷實施最有效的治療。
包括頸前路手術顯微鏡下椎間盤摘除術、後路腰椎間盤顯微外科摘除手術（正中入路、外側入路、孔外入路）等。
⑵內窺鏡輔助下脊柱外科技術。 通過若干個皮膚通道或微小切口到達脊柱， 利用光導纖維成像技術直視下進行手術操作。 內窺鏡輔助脊柱外科技術可分為胸、腹腔鏡輔助下和顯微內窺鏡輔助下脊柱外科手術。
